《异兽魔都 第二季》延续了第一季末尾留下的悬念，故事背景依然设定在一个被神秘异兽侵袭的魔都上海。这个世界充满了未知与危险，城市深处隐藏着许多超自然现象和隐秘力量。主角们依然在不断探索异兽的起源，同时试图保护普通市民免受伤害。

本季剧情围绕主角苏墨和他的小队展开。苏墨作为一名坚定且机智的异兽猎人，领导团队深入敌后收集情报，寻找阻止异兽扩散的方法。随着调查的深入，团队接连遇到更具威胁的异兽，同时揭露了隐藏在背后的巨大阴谋：部分人类势力竟与异兽暗中勾结，试图利用异兽力量掌控城市。

故事的高潮集中在团队与背叛者之间的激烈对抗，以及苏墨发现自己身世中隐藏的秘密，这一发现彻底改变了他对异兽和魔都的认知。最终，经过一场生死较量，团队虽然付出惨重代价，但成功阻止了异兽的进一步肆虐，为魔都带来了暂时的和平。但结局留下了不少悬念，为未来续集埋下伏笔。